很抱歉，您提到的信息涉及二进制编程的不同层面，但表述可能存在一些混淆。根据现有信息，我将尝试从以下几个方面进行解答：
一、直接编写二进制机器码
理解指令集架构 需深入研究目标处理器的指令集（如x86、ARM等），将算术、逻辑操作转换为对应的机器码指令。
手动转换编码
将高级操作（如加法、减法）手动转换为二进制指令（如`00000000 00000000 00000000 00000001`表示加法指令）。
缺点
过程复杂且易出错，调试和维护难度高。
二、使用汇编语言
汇编语言特性
汇编语言是机器码的符号表示，仍需直接操作硬件（如内存地址、寄存器），但比手动编写机器码更易读写。
示例
以下是C语言代码`sqrt.c`的汇编版本片段（x86架构）：
```assembly
section .data
prompt db 'Enter a pair of numbers (0 0 to quit): $'
newline db 10,0
section .text
global _start
_start:
mov edx, 4 ; 系统调用号 (sys_write)
mov ecx, prompt ; 消息地址
mov ebx, 1 ; 标准输出
int 0x80; 调用内核
; 读取输入
mov edx, 8 ; 读取8字节（两个double）
mov ecx, buffer ; 输入缓冲区
mov ebx, 0 ; 标准输入
int 0x80
; 关闭输入
mov eax, 3 ; 系统调用号 (sys_close)
mov ebx, 0 ; 文件描述符
int 0x80
; 退出程序
mov eax, 1 ; 系统调用号 (sys_exit)
xor ebx, ebx; 返回值0
int 0x80
```
*注：此代码为简化示例，实际需处理输入验证等细节。
三、高级语言与二进制文件
编译型语言
大多数高级语言（如C、C++）编译后生成二进制可执行文件，这些文件本质上是机器码的打包形式。
编辑二进制文件
可使用VIM等编辑器以二进制模式打开可执行文件（如`vim -b binary_file`），但需注意直接编辑二进制数据可能导致文件损坏。
总结
直接编写机器码：
适合底层开发或逆向工程，但效率极低。
汇编语言：提供中间层，降低直接操作二进制的难度。
高级语言与编译器：推荐用于实际开发，二进制文件由编译器自动生成。
若您有具体需求（如学习汇编、逆向工程或系统编程），建议从汇编语言入手，并逐步深入到机器码层面。