北京增值税扣款方式及流程如下：
一、扣款方式
网上缴税系统自动扣款 一般纳税人需通过国家税务网上缴税系统或地方税务客户端完成申报后，系统会自动计算并扣除应缴税款。
银行柜台/网银/手机银行
可通过银行柜台、手机银行或网上银行转账至税务机关指定账户缴纳。
代收代缴
在公共交通枢纽等指定地点，可现场向代收人员提交发票和金额完成缴税。
二、扣款流程
申报纳税
纳税人需在每月15号前通过电子税务局提交纳税申报表，系统根据申报信息计算应纳税额。
税务机关审核
税务机关审核通过后，系统自动从纳税人账户扣除应缴税款，并发送扣款通知。
缴款确认
纳税人可通过电子税务局或银行渠道查询扣款结果，系统显示“扣款成功”即表示缴税完成。
三、注意事项
申报期限： 一般纳税人需按月申报，小规模纳税人可选择按季申报。
扣款时间：系统通常在申报后1-2个工作日内完成扣款。
特殊情况处理：若遇节假日，申报期限顺延至节假日后第一个工作日。
四、补充说明
增值税扣款以税务机关审核通过的申报数据为准，纳税人需确保申报信息与财务数据一致，避免因信息错误导致漏缴或重复缴税。