学校最怕的投诉部门是 教育局，其次是 12345市长热线和 12331食品药品投诉举报电话。具体分析如下：
教育局（010-66092315/66093315） 教育局是学校监管的核心部门，负责监督办学行为、教学质量及教师规范。若学校存在乱收费、体罚学生等违规行为，教育局会依法查处，导致学校声誉受损、等级评定受影响，甚至面临行政处罚。
12345市长热线
作为政府公共服务平台，12345可受理包括学校投诉在内的各类问题。市民或家长拨打后，相关部门会介入调查，学校需配合处理。若涉及重大问题（如食品安全、教育乱象），学校可能面临全面排查压力。
12331食品药品投诉举报电话
专用于处理学校食堂卫生、食品安全等问题。若学校食堂存在卫生隐患或食物变质，12331会依法处罚，严重者可能面临高额罚款或停业整顿。
总结：
学校最担心的投诉部门是教育局，因其监管力度大、处罚措施严厉；其次是12345和12331，前者涉及多部门协同调查，后者针对食品安全专项治理。建议家长或学生保留证据，通过正规渠道举报以维护权益。