合肥和南京的学校各有优势，具体选择需根据个人需求和目标。以下是综合对比分析：
一、高校数量与质量
南京：2所985高校（南京大学、东南大学）和6所211高校，双一流高校占比更高，顶尖高校数量和综合实力显著优于合肥。
合肥：1所985高校（中国科学技术大学）和2所211高校（合肥工业大学、安徽大学），科教比突出，但整体高等教育水平与南京存在差距。
二、重点高校优势
南京：南京大学、东南大学等高校在工程、信息科学、生命科学等领域实力强劲，且课程改革经验丰富，毕业生就业竞争力高。
合肥：中国科学技术大学科研实力顶尖，合肥工业大学在车辆工程、管理等领域表现突出，毕业生签约率超过90%。
三、地理位置与就业
南京：长三角核心城市，经济发达，就业机会多，尤其在上海、杭州等地发展潜力大。
合肥：安徽省会，区位优势明显，适合在安徽及周边地区发展，但长三角就业资源相对有限。
四、课程改革与教育经验
南京：课程改革全国领先，教育经验丰富，注重培养创新能力和实践能力。
合肥：教育改革相对滞后，但高校注重实践与产业结合，部分专业与企业合作紧密。
总结建议
优先选南京：若追求顶尖高校资源、课程改革经验及长三角发展机会，南京更优。
优先选合肥：若侧重重点高校特色专业（如中科大、工科领域）、高就业率及省会区位优势，合肥更合适。