根据权威信息综合分析，日本学校数量最多的地区如下：
一、日本国内
关东地区 东京是日本教育资源最集中的区域，拥有超500所高校，占日本顶尖大学半数以上，包括东京大学、早稻田大学等。该地区高校数量占日本全国总量的60%，是日本留学生最集中的城市。
二、中国
上海
全球规模最大的日本学校集中地，拥有上海日本人学校（含高中部）等6所日本学校，学生人数超4000人，所有教职均为日本人。
北京
设有35所日本国际学校，其中三里屯的日本学校为典型代表。
其他城市
包括广州、深圳、苏州、杭州、大连、青岛等一线城市及部分二线城市也设有日本学校，但数量较少。
总结：
日本国内以关东地区高校数量最多；中国则以上海为日本学校集中地，北京次之，其他城市较少。