三峡大学目前共有21个学院，涵盖多个学科门类。以下是具体名单及部分学院特色：
水利与环境学院 
- 一级学科：水利工程、管理科学与工程
- 硕士专业：土木水利、工程管理、资源与环境
- 特色：国家级一流本科专业建设点，湖北省重点学科
土木与建筑学院
- 硕士专业：土木水利、工程管理
- 历史沿革：原葛洲坝水电工程学院水利水电工程建筑系发展而来
机械与动力学院
- 硕士专业：机械工程、动力工程及工程热物理
- 重点方向：能源动力系统、智能制造
材料与化工学院
- 硕士专业：材料科学与工程、化学工程与技术
- 研究方向：新能源材料、化工过程工程
电气与新能源学院
- 本科专业：电气工程及其自动化（含输电线路工程）、自动化、智能电网信息工程
- 省部级重点实验室：梯级水电站运行与控制实验室
- 行业合作：与国网、三峡集团共建联合实验室
计算机与信息学院
- 硕士专业：计算机科学与技术、信息与通信工程
- 重点方向：人工智能、大数据应用
经济与管理学院
- 硕士专业：工商管理、公共管理
- 优势：湖北省本科品牌专业，区域经济研究特色鲜明
基础医学院与健康医学院
- 硕士专业：临床医学、基础医学
- 科研实力：国家级重点实验室，医学教育质量高
文学与传媒学院
- 硕士专业：新闻传播学、汉语言文学
- 校园文化：新闻传播实践基地建设完善
法学与公共管理学院
- 硕士专业：法学、公共管理
- 校企合作：法律实务教学与司法实践结合
其他学院：
包括马克思主义学院、理学院、生物与制药学院、艺术学院、体育学院、外国语学院、民族学院、科技学院等，均覆盖理学、工学、医学、管理学、文学、艺术、教育学、法学、体育学、民族学、理学等九大学科门类。