袁世凯在担任直隶总督期间，主要创办了以下三所大学：
山东大学堂
1901年创立，是中国第二个官立大学堂，也是晚清时期地方政府建立的第一所大学堂，后发展为山东大学。
保定陆军军官学校
1912年创办，是中国近代史上第一所正规陆军学校，培养了大批军事人才，后发展为中国人民解放军陆军军官学校。
天津北洋大学堂
1902年创立，是袁世凯在天津创办的官立高等学府，属于北洋教育体系的重要组成部分。
补充说明
其他军事院校如保定军校（1912年）、南苑航空学校（1913年）等，虽与袁世凯有关联，但实际创办时间或主体不符。- 山东大学堂是袁世凯在山东教育领域的核心贡献，而保定陆军军官学校则是其军事教育的重要成果。以上信息综合自多个来源，但需注意部分记载存在时间线上的差异（如天津北洋大学堂的创办时间存在1902年和1907年两种说法）。