南京市建邺区目前共有5所大学，具体如下：
南京大学
综合性大学，中国顶尖学府，拥有丰富的科研和教学资源。
南京理工大学
以工科见长，国家“211工程”和“985工程”重点建设高校。
南京航空航天大学
中国航空航天领域权威学府，培养大量科技人才。
东南大学
综合性研究型大学，理工科实力突出。
江苏海事职业技术学院
职业技术院校，江苏省重点支持的高校，培养工程技术人才。
补充说明
其他提及的学校如南京广播电视大学、江苏师范大学南京分校等，属于成人教育机构或非独立本科院校，不计入普通高校数量。- 建邺区高校主要集中在栖霞仙林和江宁区，建邺区本身仅列出上述5所综合性大学。