哈尔滨工程大学目前设有 16个院系，具体如下：
船舶工程学院 
国家双一流建设重点学科，涵盖船舶与海洋工程等领域。
航天与建筑工程学院
航天工程、建筑工程等方向为核心。
动力与能源工程学院
包含核科学与技术、动力工程及工程热物理等方向。
自动化学院
智能科学与工程学院等子院系。
水声工程学院
专注水声工程、声学等领域。
计算机科学与技术学院
含计算机、软件工程、信息安全等专业。
机电工程学院
机械工程、电气工程等方向。
信息与通信工程学院
通信工程、网络工程等专业。
经济管理学院
金融学、工商管理等学科。
材料科学与工程学院
材料科学、化学工程等方向。
核学院
核科学与技术专业。
国防教育学院
军事类人才培养。
说明：
不同来源对“系”的划分存在差异，部分院校将计算机科学与技术学院下设的软件学院等独立成系。- 以上信息综合自多份非官方来源，建议以学校官网最新公布为准。