南通市共有9所大学，具体划分如下：
一、本科院校（3所）
南通大学
南通市重点建设的高水平综合性大学，是江苏省重点建设高校。
南通理工学院
工科特色鲜明，是江苏省示范性高职院校。
南通大学杏林学院
2024年新增的本科院校，专注于医学相关领域。
二、专科院校（6所）
江苏工程职业技术学院
国家级重点专科，以工科专业为特色。
南通职业大学
职业教育领域重点院校，涵盖多个行业领域。
南通科技职业学院
专注于科技与工程领域的应用型高校。
江苏航运职业技术学院
以航运相关专业为优势的专科院校。
江苏商贸职业学院
经济商贸类专科院校，培养应用型人才。
南通师范高等专科学校
教育类专科院校，承担师范教育任务。
补充说明
所有信息均综合自多个来源，但部分院校的权威性较低，建议通过官方渠道进一步确认。
2025年最新排名显示，南通大学、南通理工学院、南通大学杏林学院均上榜，其中南通大学为公办本科，后两所为民办本科。
以上数据综合了不同时期的统计口径，当前（2025年4月）的官方信息以最新官方文件为准。