袁世凯在担任山东巡抚和直隶总督期间，创办了以下大学及相关教育机构，需注意其中部分机构的性质和归属：
山东大学堂
- 创立于1901年，是晚清时期中国第二所官立大学堂，也是地方政府建立的第一所大学堂，后发展为山东大学。
保定陆军军官学校
- 1902年创办于直隶省会保定，是中国近代史上第一所正规陆军军官学校，培养了大量军事人才。
北洋女子师范学堂
- 1902年成立于天津，是中国最早的女子高等学府。
补充说明
其他军事院校如天津水师学堂、保定军官学校等，因资料差异未明确提及。- 东北大学、东南大学等机构与袁世凯无直接关联，前者由张作霖创办，后者与袁家骝有关。综上，袁世凯直接创办的大学为 3所，另有重要军事教育机构。