佳木斯大学的院系设置如下：
二级学院 
共有25个二级学院，涵盖理学、工学、医学、管理学、文学、法学、农学、经济学、教育学、历史学、艺术学等学科门类。具体包括：
- 基础医学院、口腔医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、检验医学院、医学部、材料科学与工程学院、机械工程学院、信息电子技术学院、建筑工程学院、经济与管理学院、外国语学院、人文学院、理学院、体育学院、音乐学院、美术学院、马克思主义学院、教育科学学院、警官职业学院、临床医学院（第一附属医院）、口腔医学院（第二附属医院）、康复医学院（第三附属医院）。
独立学院
- 国际教育学院（2023年新增）。
- 继续教育学院（原实践技能培训中心，2023年新增）。
说明：
部分信息来源将“临床医学院”和“口腔医学院”列为独立二级学院，但根据2023年官网信息，这两个学院应属于医学部下属的二级学科。- 学校还设有多个研究所（如马克思主义学院、研究生部）和附属医院（如第一附属医院、第二附属医院），但未单独列为院系。以上信息综合自多个来源，建议以佳木斯大学官方最新公告为准。