根据搜索结果，重庆在高校合并、直辖等过程中错失了以下4所重点大学：
重庆建筑大学 
作为建筑老八校之一，因合并西南政法大学和重庆医科大学失败而消失，对西南地区高等教育影响深远。
西南师范大学
全国师范类顶尖高校，在合并后并入西南大学，成为其下属机构，失去独立办学资格。
重庆医科大学
重庆大学未能成功合并该校，导致重庆在综合实力竞争中处于劣势，错失西南地区高校领导地位。
西南农业大学
在211工程评选中，因重庆医科大学的竞争而未能入选，后与西南师范大学合并为西南大学。
补充说明：
中国矿业大学（徐州）等高校虽未留在重庆，但属于其他省份高校调整，不计入重庆本地错失范围。- 部分高校如重庆工业大学因历史原因未升级，但属于职业教育体系调整，非传统意义上的“大学”。