根据搜索结果，重大专项不通过的处理方式需分情况讨论，具体如下：
一、验收不通过的处理措施
整改要求
若因研发失败导致验收不通过，需在规定期限内完成整改，整改后仍不通过的，将不予后续补助。
主管部门处罚
- 验收率不足90%的部门会被警告并限期完成；
- 验收率不足70%的部门将被暂停下一年度申报资格，直至完成验收。
承担单位限制
同一单位若存在未验收的重大专项，将无法申报新项目；若因非不可抗力导致验收失败或被撤销，需在3年内取消申报资格。
二、补助资金追回与责任追究
未按照协议要求应用技术成果的，需追回补助资金，并可能面临《财政违法行为处罚处分条例》的处罚，严重者移送司法机关。
承担单位和项目负责人需对验收材料及报告的真实性、准确性负责。
三、特殊情况处理建议
若因企业破产、项目中止等特殊原因导致验收延迟，建议主动向归口部门申请并完善手续。
以上措施均基于现行政策规定，具体执行以当年最新文件为准。