清朝政府直接创办的大学数量存在不同说法，但综合权威信息可得出以下结论：
结论：清朝政府直接创办的大学至少为10所，其中京师大学堂、北洋大学堂等为国立大学代表。
具体说明：
核心国立大学 - 京师大学堂
（1898年）：中国近代第一所国立大学，北京大学前身。 - 北洋大学堂（1895年）：中国第一所现代化大学，天津大学前身。 - 清华学堂（1911年）：留美预备学校，后发展为清华大学。 - 四川高等学堂（1902年）：四川大学前身。2. 其他重要大学
- 东南大学（庚子赔款后建立）。 - 山西大学（1902年）。 - 福建船政学堂（1866年）等洋务学堂。3. 争议与补充
- 部分资料提到清华大学、燕京大学等也用赔款资金建立，但未明确归类为政府直接创办。 - 教会大学（如圣约翰大学）虽在晚清兴办，但非政府主导。 注意：
不同来源对“政府直接创办”的定义存在差异，部分大学可能涉及多方合作或资金支持，建议以权威史料（如《中国近代教育史纲要》）为准。