蔡元培直接创办或参与创办的大学数量存在不同说法，但综合权威信息可得出以下结论：
一、直接创办的大学
北京大学：
1916-1927年任校长，推动学术改革，成为新文化运动中心。2. 辅仁大学：与陈嘉庚共同创办，1924年正式成立。3. 中法大学：1920-1930年兼任校长，推动中西教育交流。 二、参与创办或重要贡献的大学
元培科技大学：
前身为台湾私立医事技术专科学校，1964年由蔡炳坤创办。5. 国立青岛大学：1926年被聘为董事，1930年参与开学典礼。 说明：
清华大学虽受蔡元培影响，但未直接参与创建。- 国立艺术院、国立音乐院等艺术机构虽由他倡导，但不属于大学范畴。综上，蔡元培直接创办了3所大学，参与创办或贡献突出的大学共5所。