清华大学和北京大学在学系设置上存在差异，具体如下：
清华大学 
- 学院数量：20个学院
- 系别数量：58个系
- 专业设置：81个本科专业
- 学科覆盖：涵盖理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学、医学等学科。
北京大学
- 学院数量：未明确具体数字（但设有多个学院，如文学院、理学院等）
- 系别数量：未明确具体数字（但包含多个系，如哲学系、数学系等）
- 专业设置：未明确具体数字（但涵盖哲学、经济学、管理学、法学、教育学、医学等学科）。
总结：
清华大学明确设有20个学院和58个系，而北京大学的具体学院和系别数量未在搜索结果中明确提及。