内蒙古自治区共有17所本科大学，具体如下：
内蒙古大学 
国家“双一流”建设高校、“211工程”重点建设院校，综合类大学，优势学科包括生物学、生态学等。
内蒙古农业大学
农科优势突出，生命科学特色鲜明，农业科学、植物与动物科学等学科进入ESI全球前1%。
内蒙古师范大学
师范类专业强，汉语言文学、数学等学科教学水平较高，承担基础教育师资培养任务。
内蒙古工业大学
理工科为主，化学工程、材料科学等学科优势明显，拥有5个博士学位授权一级学科。
内蒙古科技大学
工科强校，冶金、矿业、稀土等特色领域突出，多学科协调发展。
其他本科高校：
包括内蒙古医科大学、内蒙古民族大学、赤峰学院、内蒙古财经大学、呼伦贝尔学院、集宁师范学院、河套学院等。