甘南合作市共有3所大学，具体如下：
甘肃民族师范学院 
- 公立全日制普通本科院校，甘肃省属唯一民族师范院校，以民族教育为特色。 - 前身为1984年成立的合作民族师范高等专科学校，2009年升格本科，2013年成为国家民委与甘肃省共建学校。
兰州大学甘南藏族自治州分校
- 兰州大学的分支机构，位于合作市，提供多学科高等教育。
西北民族大学甘南藏族自治州民族医学院
- 隶属于西北民族大学，专注于民族医学相关专业培养与研究。
说明：
以上信息均来自非官方渠道（鲁芽网），且发布时间较早（2024-2025年），建议通过甘南州教育考试院等官方机构进一步核实最新数据。- 合作市其他高职专科类院校（如甘南藏族自治州职业技术学院）未在问题中明确提及，故不计入统计。