二进制编程难的主要原因可归纳为以下四点，结合权威信息源分析如下：
可读性差 
二进制由0和1组成，长串代码难以直观理解，与人类习惯的十进制或十六进制相比，缺乏直观性，增加了学习成本。
易出错且调试困难
手动操作位和字节易遗漏或误操作，导致程序崩溃。调试时需逐位排查，效率低下，且错误定位困难。
开发效率低下
需手动管理内存、寄存器等底层细节，编写和维护代码耗时长。高级语言通过抽象和封装简化了这一过程，而二进制编程则需重复处理基础逻辑。
硬件适配限制
虽然二进制是计算机硬件基础，但不同架构的指令集存在差异，直接使用二进制编程可能影响跨平台兼容性，需额外适配。
总结：
二进制编程的底层特性使其在可读性、效率、可维护性等方面存在显著挑战，而现代编程语言通过提供抽象层和工具，有效缓解了这些问题。