二进制在计算机系统中具有基础性和高效性优势，但同时也存在以下问题：
冗长与可读性差 
二进制数位数呈指数级增长，例如十进制数9需1001表示，而大数（如110100100100111）在二进制下更显冗长，不便于人类直观理解与记忆。
编程复杂度高
程序员需直接操作位和字节，易出错且效率低下。与十进制相比，二进制代码更难编写、调试和维护，限制了开发效率。
与人类认知习惯差异大
人类习惯十进制系统，二进制缺乏直观感受，导致可读性差，增加了学习成本和交流难度。
技术实现限制
虽然二进制适合电路实现（高电平/低电平），但若采用其他进制，电路设计可能更复杂，且无法提升计算能力。
总结：
二进制是计算机底层的基础，但其冗长性、编程复杂性及与人类认知的差异，使其在实际应用中需依赖高级抽象（如编程语言）来缓解问题。