工程税费入账需根据工程进度、税种及支付方式分阶段处理，具体方法如下：
一、工程未完工前的税费处理
预付工程款
若款项已支付但工程未完工，借记“在建工程”或“预付账款”，贷记“银行存款”。
无合约的自建工程
若无支付协议且为自建项目，可先计入“待摊费用”，待完工后分摊。
二、工程完工或收入确认时的税费处理
确认收入与计提税金
根据完工百分比确认收入（借：应收账款/主营业务收入），同时计提增值税、附加税等（借：税金及附加，贷：应交税费）。
增值税处理
- 当月缴纳：直接借记“应交税费—应交增值税（已交税金）”，贷记“银行存款”。
- 上月未交税：借记“应交税费—应交增值税（转出未交增值税）”，贷记“应交税费—未交增值税”。
三、代扣代缴税金处理
在支付工程款时，按税率代扣代缴营业税、城建税、个人所得税等，分录为：
$$
begin{align*}
& text{借：预付工程款}
& text{贷：应缴税金—代扣代缴营业税}
& text{贷：应缴税金—代扣代缴城建税}
& text{贷：应缴税金—代扣代缴个人所得税}
& text{贷：其他应交款—代扣代缴企业所得税}
& text{贷：其他应交款—代扣代缴教育费附加}
& text{贷：银行存款}
end{align*}
$$。
四、实际缴纳税金
实际缴纳时，借记“应交税费（各项代扣代缴税金）”及附加税费科目，贷记“银行存款”。
五、注意事项
进项税额可抵扣的不计入工程成本，需单独核算。
税务申报时需填写《增值税纳税申报表附列资料》，反映预缴与应纳税额关系。