在地税局体系中，科长的职位级别需结合行政层级判断，具体如下：
县区级地税局科长 
- 行政级别：正科级
- 职位定位：相当于乡镇级行政单位（如乡镇长）的领导，负责科室或税务所的全面管理。
市地税局科长
- 行政级别：正科级
- 职位定位：与县区局同级，属于市局领导班子成员，负责分管领域工作。
特殊情况下的例外
- 部分副职（如副局长）可能因工作需要临时主持科室工作，此时其行政级别（如副科级）高于科长（正科级）。
总结：
常规情况下，县区级和市地税局科长均为正科级，无直接高低之分；特殊情况下，副职可能临时担任科长职务，级别高于原科长。