杨振宁最初在西南联合大学选择的专业是 化学系，但随后因对物理学的浓厚兴趣转入物理学系。具体信息如下：
初始专业选择 1938年考入西南联合大学时，杨振宁遵从父亲意愿，最初在化学系学习。
转专业原因
在备考期间自学物理后，对物理学产生强烈兴趣，并于1938年12月获得理学院院长吴有训教授批准，转入物理学系。
后续学术发展
转专业后，他在西南联大完成本科和研究生学业，1945年赴美深造，最终在理论物理学领域取得卓越成就，包括1957年与李政道共同获诺贝尔物理学奖。
总结：
杨振宁的专业轨迹体现了从化学到物理的跨学科探索，其物理学成就奠定了他在科学界的地位。