就业协议无效的处理方式需根据具体原因和后果采取相应措施，主要分为以下四类：
一、协商与补办
协商解决 双方应立即停止履行原协议，根据公平原则处理已履行部分（如支付工资、返还费用等），并协商解除劳动关系或经济补偿方式。
补办协议
若协议因损毁或遗失，需向学校提交书面申请说明情况，经审核后补发新协议，并在报刊声明作废。
二、赔偿与责任承担
用人单位过错
如提供虚假信息导致协议无效，需赔偿劳动者经济损失（如案例中公司需赔偿5000元）。
劳动者过错
若因隐瞒重要情况或欺诈行为导致协议无效，需承担相应赔偿责任。
三、法律救济途径
协商不成的，可通过以下方式解决：
劳动仲裁
向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求确认协议无效、赔偿损失或重新签订协议。
法院诉讼
对仲裁结果不服的，可向法院起诉，由法院根据具体情况裁决。
四、重新签订协议
双方可协商修改原协议或重新签订新协议，确保条款合法有效，同时保护双方权益。
注意事项：
所有处理均需以书面形式进行，保留证据以便后续维权。若涉及学校就业协议，需遵循学校审批流程（如申请作废、重新签订）。