镇原县新建的两所学校分别位于县城不同区域，具体信息如下：
镇原县第三中学 
- 地址：
镇原县城西区
- 规模：占地7.78万平方米，设60个教学班，可容纳3000人
- 功能：解决城区学校“大班额”和“入学难”问题，优化教育布局。
镇原第二中学 - 地址：
文汇路26号（位于县城关镇）
- 说明：该学校地址明确标注在镇原县城关镇，但未提及具体建设时间或规模。
总结：两所学校均位于镇原县城，第三中学位于西区，第二中学位于文汇路26号（县城关镇）。建议通过官方渠道进一步核实最新建设进展。