菏泽市共有2所本科高校和3所专科高校，具体如下：
本科高校 - 菏泽学院：
全日制普通本科高校，全国排名第595位，是数据中国“百校工程”建设院校。 - 齐鲁工业大学菏泽校区：与山东齐鲁工业大学联合办学，设有5个本科专业，其中食品科学与工程为国家级一流本科专业。
专科高校 - 菏泽医学专科学校：
省属公办专科高校，全国排名第1664位，正在筹备升本。 - 菏泽职业学院：综合类专科高校，全国排名第2013位。 - 菏泽家政职业学院：综合类专科高校，全国排名第2179位。
说明：
部分资料将齐鲁工业大学菏泽校区列为本科高校，但根据最新权威信息（2023-2024年），其办学层次和专业设置更符合专科高校特征。- 专科高校中，菏泽医学专科学校因专业特色和升本进展，综合排名较高。