南通大学在历史上经历了三次主要拆分，具体如下：
纺织科迁出（1952年院系调整）
纺织科整体迁至上海，与上海工专、诚孚纺专等专科学校合并，成立华东纺织学院。这是南通大学最早的院系拆分，纺织学科自此独立发展。
农科迁出（1952年院系调整）
农科迁至扬州，成为苏北农学院（现扬州大学前身）。这一拆分使南通大学在农业领域的学科布局发生变化。
医科迁出（1952年院系调整）
医科留在南通，初期改名苏北医学院，后迁至苏州。这一拆分导致南通大学在医学学科发展上出现断层。
现状说明
当前南通大学（2004年组建）是由原南通师范学院、南通工学院、南通医学院等合并而成，并未发生新的拆分。- 1952年拆分出的三所高校（东华大学、扬州大学、苏州医学院）发展势头较好，与现南通大学关联度较低。