复旦大学目前有以下主要附属院校和合作机构：
直属院系 
包括35个直属院（系），涵盖哲学、经济学、法学、医学、管理学、艺术学等12个学科门类。
附属医院
共有18家附属医院（其中2家筹建中），包括上海医科大学（前身为1927年国立第四中山大学医学院）。
独立院校
- 上海视觉艺术学院：
2005年成立的艺术类院校，专注于视觉传达、设计等领域的教育。
合作与分拆机构
- 山东大学海洋系：
由复旦大学海洋组（1949年）与厦门大学海洋系合并组建。
- 华东政法学院：由复旦大学法律、政治系参与组建。
说明：复旦大学通过合并、调整和合作，形成了文理医协同发展的格局。其历史可追溯至1905年，是中国最早由民间自主创办的高等学府之一，现为国家“世界一流大学”建设高校，综合实力位居国内顶尖水平。