昌平区目前共有15所高校，具体如下：
一、普通高校
北京大学昌平新校区
2021年启用，占地2838亩，建筑面积45万平方米，是北京大学下属的现代化校区。
北京信息科技大学昌平新校区
2022年秋季启用，规划用地50.25公顷，已接纳1696名新生。
北京化工大学昌平南口校区
原名北京化工学院，1958年创办，是新中国重点建设的高水平化工技术人才培养基地。
中央财经大学沙河校区
2003年启动建设，2009年投入使用，2012-2023年持续建设，位于沙河镇。
北京航空航天大学沙河校区（昌平校区）
2001年启动建设，2010-2024年陆续投入使用，占地约26平方公里。
外交学院沙河校区
2006年奠基，2012年启用，位于沙河高教园。
北京师范大学沙河校区
2003年划拨用地，2007年启用，是师范类高校。
北京邮电大学沙河校区
2003年批准建设，2015年完工，二期工程2021年完成。
二、其他类型高校
中国政法大学北校区
中国石油大学（北京校区）
北京师范大学
北京航空航天大学
外交学院
华北电力大学（北京校区）
北京农学院
中国人民解放军防化指挥工程学院
北京大学马池口分校
北京警察学院
北京信息科技大学
北京化工大学南口校区
沙河大学城（含中央财经大学、北京邮电大学等）
注：部分高校存在多个校区，如北京邮电大学、北京航空航天大学等在沙河设有新校区。