截至2025年4月3日，南京市共有14所大学设有校区，具体如下：
一、主要综合性大学
南京大学 包含鼓楼校区（老校区）、仙林校区（新校区）等4个校区，是江苏省重点建设高校。
南京师范大学
以仙林大学城为主校区，涵盖文理学科。
南京财经大学
仙林大学城内设有校区，主校区位于南京。
南京邮电大学
仙林、锁金村、江宁、三牌楼四个校区，前身为八路军战邮干训班。
二、其他重点高校
南京医科大学（原东南医科大学）：浦口校区为主。
南京航空航天大学： 扬子江校区（2023年启用）。 南京林业大学
河海大学：南京设有独立校区。
三、其他有校区的院校
南京理工大学紫金学院（南京大学下属）、南京信息职业技术学院（仙林大学城）、南京邮电大学三牌楼校区等。
注：部分高校存在多个校区并存情况（如南京大学），具体划分以官方公告为准。此外，南京正规划建设多所新校区，如江宁大学城、浦口大学城等，部分校区尚未完全启用。