南通开发区目前共有4所高校，具体如下：
南通大学 
公办综合性大学，由南通医学院、南通工学院、南通师范学院合并组建，是江苏省高水平大学建设高峰计划高校。
南通航运职业技术学院
位于南通经济技术开发区，是当地重点高职院校，以航海相关领域为特色。
江苏工程职业技术学院
正在南通开发区建设新校区，计划2022年投入使用，以工科教育为主。
南通理工学院
民办本科院校，包含36个本科专业，分南通校区和海安校区，工科领域较强。
说明：
上述信息综合自多个来源，但均来自非官方渠道，权威性较低。- 不同来源对“开发区”的定义存在差异，部分资料将南通大学城、海安科技城等区域性大学城纳入统计，但未明确区分是否属于开发区。- 建议通过南通市教育考试院等官方渠道获取最新数据。