根据搜索结果，全国有多所大学实行跑早操制度，但具体数量难以精确统计。以下是部分明确提及跑早操的大学示例：
中国地质大学（武汉） 
早操面向大一大二学生，周一至周五进行，包含跑步等锻炼，旨在培养早起习惯。
清华大学
学生早操后需继续校内跑步锻炼，强调身体素质培养。
华中农业大学
大一、大二学生周一至周五6:45左右进行广播体操或跑步早操。
四川大学
医学、语言、化学等专业大一新生需早读打卡，部分专业存在跑步早操要求。
电子科技大学
学生普遍参与早操活动，具体形式可能包含跑步。
沈阳建筑大学
新生以早操为起点，强调团队精神与纪律性。
西北农林科技大学
基本实行早操制度，但跑步频率可能因课程安排调整。
山西警官学院
因专业特殊性，设置跑步早操作为日常训练。
说明：
上述信息均来自非官方渠道（鲁芽网），且部分高校未明确说明跑步频率或是否仅限大一、大二学生。- 实际参与高校可能更多，建议通过学校官网或官方通知获取最新信息。