根据搜索结果，新能源科学与工程专业的优质院校可综合以下信息进行选择：
一、顶尖综合类高校
清华大学 - 在新能源领域拥有顶尖师资和先进研究设施，多个学科进入世界前1%。
- 优势方向：能源动力、太阳能热利用、分布式能源系统等。
上海交通大学
- 综合性研究型大学，新能源科学与工程为国家级特色专业。
- 优势方向：水电资源与能源安全、新能源装备研发等。
西安交通大学
- 中国顶尖工科高校，能源动力学科优势显著，国家级实验室覆盖广泛。
- 优势方向：太阳能热利用、分布式能源、能源系统优化等。
二、重点理工类院校
华中科技大学
- 新能源科学与工程为国家级特色专业，科研实力强，尤其在核能与新能源系统领域突出。
- 优势方向：核能技术、新能源材料、高效能源转换等。
北京工业大学
- 新能源技术专业为国内高水平专业，注重工程实践与研发能力培养。
- 优势方向：风能、太阳能、储能系统等。
河海大学
- 水利特色鲜明，新能源科学与工程结合水利资源高效利用，获国家“211”工程重点建设。
- 优势方向：水电资源开发、新能源与水利工程的交叉领域。
三、其他推荐院校
浙江大学： 学科排名全国第一，新能源材料、系统集成等方向领先。 哈尔滨工业大学
东南大学：在新能源系统设计与优化方面有突出研究。
四、选择建议
明确方向：
- 若侧重理论研究，优先考虑清华大学、上海交通大学；
- 若注重工程实践，华中科技大学、北京工业大学更合适；
- 水利资源相关方向可选河海大学。
参考排名：
- 软科2024年排名中，西安交通大学、华中科技大学、华北电力大学等位列前茅。
结合地域：
- 北京、上海、西安等地高校资源更丰富，可优先考虑就近院校。
以上推荐综合了学术实力、行业认可度及就业前景，供参考。