重庆大学等高校发展面临多方面挑战，主要原因可归纳为以下四点：
一、区域竞争与资源倾斜
与成都高校的竞争 重庆大学作为985高校，在综合实力上与西南大学等本地高校差距缩小，难以形成明显优势。
省属高校名额竞争
四川省曾将优质高校名额集中于成都，导致重庆在211高校数量和学科建设上处于劣势。
二、财政与资源投入不足
经费短缺
重庆高校普遍面临财政支持不足问题，重庆大学等985高校预算仅20亿元左右，难以满足发展需求。
重点领域投入偏差
资源过度倾斜于传统工科（如重庆交通大学），而电子信息、人工智能等新兴领域发展滞后。
三、招生与学科布局问题
大类招生弊端
采用大类招生方式导致冷热专业混杂，高分考生可能被迫选择冷门专业，影响生源质量。
学科评估压力
重庆大学在工科领域虽具优势，但建筑、机械等传统学科优势逐渐下滑，难以在学科评估中保持前列。
四、体制机制与创新不足
评价体系单一
过分依赖院士、杰青等指标，导致高校将资源投入“帽子工程”，忽视基础学科和人才培养质量。
创新动力不足
部分高校（如重庆大学）在新兴学科布局上保守，缺乏与沿海高校的竞争力。
五、历史与合并遗留问题
高校合并决策失误（如未整合西南政法大学等优质资源）和历史积淀问题，进一步削弱了高校综合实力。
总结：
重庆高校发展受区域竞争、资源短缺、招生机制、评价体系等多重因素制约，需通过优化资源配置、改革招生模式、加强创新投入等路径突破困境。