根据搜索结果，南京小学辅导班中口碑较好且综合实力较强的机构如下：
南京新东方泡泡少儿教育 
作为新东方旗下品牌，覆盖全国多个城市，提供K12教育服务，以优质教学质量和师资力量著称。
南京秦学教育
隶属于北京秦学教育集团，专注1-9年级全科辅导，采用大数据技术实现个性化教学，课程设置灵活，家长反馈成绩提升显著。
南京海豚教育
注重因材施教，提供一对一辅导，教学环境自由活泼，师资力量雄厚，擅长培养创意与基础素质。
南京常青藤（大光路校区）
提供多样化课程，注重学生全面发展，教学质量稳定，学习氛围良好。
南京巨石教育
以专业教学团队和显著成果闻名，专注语文、数学等科目辅导，教学经验丰富。
选择建议：
优先考虑权威机构（如新东方泡泡少儿教育、秦学教育）；
关注课程设置是否个性化，师资资质；
参考家长与学生的实际反馈。