在英语中，be动词（am/is/are/was/were）的用法需要根据主语的数和时态来决定。对于“两杯水”这个主语，be动词的选择如下：
主谓一致原则
- 虽然“水”（water）是不可数名词，但此处主语是“两杯水”（two cups of water），属于复数概念。因此，be动词应使用复数形式 are。
完整句子示例
- 陈述句：There are two cups of water on the desk.
- 疑问句：Are there two cups of water on the desk？
- 否定句：There aren't two cups of water on the desk.
补充说明
- 不可数名词作主语时，be动词通常用单数形式（如is/was），但当主语被限定为复数（如two cups of water）时，需遵循“就近原则”，以复数形式为准。
综上，正确答案为 are。