根据搜索结果，福建省内设有国防相关专业的学校主要有以下两所：
福建师范大学人民武装学院
该学院是福建省唯一一所具有军事教育特色的高等院校，承担着为军队培养高素质军事人才的任务。其本科专业包括国防教育与管理、国际贸易与财务管理、计算机专业、英语（商务英语方向）等。此外，学校还与福建师范大学合作办学，形成多学科协调发展的办学模式。
中国人民武装警察部队武警福州指挥学院
该学院是武警部队中唯一一所多兵种初级指挥军事高等院，位于福州市仓山区洪塘里47号。学院主要培养多兵种初级指挥军事人才，属于武警系统内部院校。
补充说明
国防科技大学福州校区（国防科大）虽然属于军队重点院校，但其主要面向全国招生，不属于地方普通高校体系。
其他搜索结果中提到的福建理工学校、集美工业学校等未明确标注国防专业。
以上信息综合自权威部门公告和高校官方资料。