关于医院就业协议作废后的处理方式，需根据具体情况和学校规定办理，主要分为以下几种情况：
一、协议已签字盖章的情况
协商解约并取得解约证明 若因个人原因需要解除协议，需与医院协商一致并签署书面解约文件，同时提供医院出具的解约证明。
提交申请并备案
持旧协议和解约证明到学校就业指导中心备案，完成流程后学校将发放新的就业协议。
二、协议未签字盖章的情况
填写申请表并提交
需填写《就业协议更改信息申请表》，注明作废原因，手写签名后交学校就业办处理。
三、协议丢失或严重损毁的情况
登报声明作废
在本地权威报刊上登报声明原协议作废，需附上学校就业办审核意见。
提交申请并补发
携带登报声明和学校审核意见至就业办，完成备案后补发新协议。
注意事项
违约金条款的约束性：
若协议中明确约定了违约金，且金额合理（不超过损失30%），则需按约定履行；若显失公平，可请求法院调整。
地区政策差异：如上海等地区对电子协议有特殊规定，需遵循当地劳动部门指导。
避免单方面违约：若医院单方面要求解除协议，需提供充分法律依据，否则可能涉及法律风险。
建议办理前咨询学校就业办，确保流程合规。