根据权威性和最新信息，日本漫画专业最好的学校推荐如下：
一、京都精华大学
综合排名：日本漫画专业第一，全球首家设立漫画学部的大学。
特色：专注漫画创作与理论研究，课程涵盖故事漫画、角色设计等方向，毕业生多活跃于漫画界。
优势：与京都美术馆等机构合作，提供丰富的实践机会。
二、东京艺术大学
综合排名：日本顶尖艺术学府，动画专业注重艺术性与实验性。
特色：动画课程覆盖平面/立体动画、游戏企划等方向，师资力量雄厚（如山村浩二）。
三、武藏野美术大学
综合排名：东京五美之一，动画专业强调跨领域融合。
特色：注重动画与电影、插画等影像形式的结合，课程设置灵活。
四、多摩美术大学
综合排名：日本规模最大的美术大学，动漫领域声誉卓著。
特色：提供绘画、雕刻、动画等多元化课程，适合数字动画与特效学习。
五、神户艺术工科大学
综合排名：关西地区顶尖艺术大学，漫画专业成绩优异。
特色：以设计类学科见长，漫画专业注重实践与比赛能力培养。
选择建议：若侧重学术研究，优先考虑京都精华大学；若追求艺术性与实践结合，东京艺术大学、武藏野美术大学更合适；多摩美术大学适合数字动画领域学习。建议结合个人兴趣和作品集要求选择，并提前准备申请材料。