就业保障协议丢失后的处理方式需根据具体情况灵活应对，以下是综合建议：
一、与用人单位协商补发
说明情况并获取存档件
尽快联系原用人单位，说明协议丢失原因，请求其提供存档的就业保障协议复印件，并加盖单位公章以验证真实性。
确认劳动合同效力
若已签订劳动合同，就业保障协议的重要性相对降低，但仍需与单位确认是否需要补办。若单位拒绝补发，可依据《劳动合同法》第十条规定，主张劳动关系自用工之日起建立，劳动合同是劳动关系建立的凭证。
二、学校补办流程（针对高校发放的协议）
登报声明作废
携带报纸至学校招生就业办，声明就业保障协议作废。部分高校需在省级日报社办理挂失手续。
提交补办申请
填写补办申请表，附上身份证复印件、单位人事接收函等材料，提交至学校就业指导中心。
审核与补发
学校审核通过后，会补发注明“原件已遗失”的协议，该协议与原协议具有同等法律效力。
三、注意事项
法律后果
就业保障协议并非劳动合同的法定必备文件，但可作为劳动关系证明的补充。若与单位就补发或重新签订协议存在争议，可依据《劳动合同法》第七条、第十条等条款主张权益。
材料准备
补办时需确保提供的材料真实有效，如单位出具的接收函、身份证复印件等。
费用问题
部分高校收取10元补办费，若对费用有疑问，可咨询学校就业部门。
建议优先通过学校渠道补办协议，若涉及用人单位，及时沟通协商是关键。若已签订劳动合同，劳动合同将成为主要权益保障依据。