就业协议书丢失后是否影响入编，需根据具体情况分析：
一、对入职流程的影响
已签订劳动合同的情况
根据《劳动合同法》，劳动关系自用工之日起建立，劳动合同是建立劳动关系的核心证据。若已与用人单位签订书面劳动合同，则无需就业协议书，入职流程不受影响。
未签订劳动合同的情况
若未签订劳动合同，建议尽快与用人单位补签。若用人单位拒绝补签，可依据《劳动合同法》第八十二条主张双倍工资。
二、对教师编制的影响
三方协议与入编无直接关联
三方协议是毕业生与学校、用人单位的约定，与教师编制的获取无必然联系。入编通常依据招考成绩、考核结果及单位内部流程。
特殊情况处理
- 若就业协议丢失且未签订劳动合同，需向学校说明情况，提供用人单位的录用通知、工资发放记录等材料申请补发协议。
- 部分高校要求在二次分配（如回生源地参加分配）时提交协议，但需符合学校具体规定。
三、建议流程
联系用人单位
立即与用人单位沟通，说明协议丢失情况，确认是否已建立劳动关系或签订劳动合同。
补办协议（如需）
按用人单位要求提交书面申请、声明未签约材料等，经审批后补发。
保留相关证据
收集劳动合同、工资条、入职通知等材料，以备后续可能需要的证明。
总结
就业协议丢失不必然影响入编，但需确保与用人单位建立劳动关系并保留相关证据。建议及时与单位沟通，必要时通过正规渠道补办协议。