清朝时期创办的大学数量存在不同统计口径，综合权威信息整理如下：
一、官方创办的国立大学（核心机构）
京师大学堂 （北京大学前身）：1898年成立，中国近代第一所国立大学。北洋大学堂
（天津大学前身）：1895年成立，中国第一所近代大学。
清华大学（清华学堂前身）：1911年成立，清政府留美预备学校。
四川高等学堂（四川大学前身）：1902年成立，由四川总督创办。
二、其他重要机构
东南大学： 成立于庚子赔款后（1902年），由张謇创办。
武汉大学：前身为自强学堂（1893年），1928年定名国立武汉大学。
三、教会大学
晚清时期，基督教机构创办了17所大学，如圣约翰大学、燕京大学等，但非清政府官方办学。
说明：不同来源统计的“大学”范围存在差异，部分统计包含教会大学或私立机构。上述信息综合了国立大学的核心机构及部分重要私立机构。