南通市区的大学数量需根据行政范围区分说明：
本科院校
南通市目前有3所本科院校，分别是：
- 南通大学
- 南通理工学院
- 南通大学杏林学院
专科院校
除本科院校外，南通市还有6所专科院校：
- 江苏工程职业技术学院
- 南通职业大学
- 南通科技职业学院
- 江苏航运职业技术学院
- 江苏商贸职业学院
- 南通师范高等专科学校
说明
通州区目前没有本科院校，其原建筑职工中等专业学校、干部培训中心等已并入南通建筑大学（原南通建筑职业技术学院）；
不同来源对“大学”定义存在差异，部分资料将高等专科学校也归为“大学”，但严格来说本科和专科属于不同层次的教育机构。如需进一步了解具体院校信息，建议访问各高校官网或江苏省教育厅官网查询。