曼彻斯特大学目前设有 3个学部，具体如下：
生物、医学与健康学部 
包含生物科学学院、医学科学学院、健康科学学院，专注于生命科学领域。
理工学部
涵盖化学工程与分析科学系、计算机科学系、电子与电气工程系、机械与航天工程系、材料科学与工程学院、数学系、物理与天文系，是科研实力强劲的学科群。
人文学部
包括曼彻斯特商学院、艺术与语言文化学院、环境与可持续发展学院、法学院、社会科学学院，注重人文社科领域发展。
补充说明：
学校下设超过9个学院，如商学院、材料学院、地球与环境科学系等，但整体划分为上述3个学部。- 该结构自2019年调整后形成，整合了原生命科学院、医学与人类科学院等院系。