哈尔滨工程大学目前设有 16个院系，具体划分如下：
船舶工程学院 
国家双一流建设重点学科，与船舶与海洋工程学科相关。
航天与建筑工程学院
涵盖航天工程、建筑工程等领域。
动力与能源工程学院
涉及动力工程及工程热物理、机械工程等方向。
自动化学院
包含智能科学与工程学院等专业。
水声工程学院
专注水声工程领域研究。
计算机科学与技术学院
简称“6系”，含计算机、信息安全等专业。
机电工程学院
覆盖机械工程、电气工程等领域。
信息与通信工程学院
涉及通信工程、电子信息等方向。
经济管理学院
提供金融学、工商管理等专业。
材料科学与工程学院
研究材料科学、化学工程等领域。
理学院
包含数学、物理等基础学科。
外语系
负责外语教学与研究。
人文社会科学学院
涵盖哲学、经济学等人文领域。
国际合作与教育学院
负责国际交流与合作。
核学院
专注核科学与技术专业。
国防教育学院
负责国防相关教育与研究。
说明：
部分学院下设下属单位（如软件学院隶属于计算机学院）；
以上信息综合自学校官网及多份非官方资料，建议以最新官方发布为准。