民国时期因战乱南迁的学校主要有以下3所：
国立西南联合大学 
由北京大学、清华大学、南开大学于1938年4月在昆明联合成立，是抗战时期规模最大、影响最深远的高等学府，后更名为西南联大。
国立西北联合大学
由北平大学、北平师范大学、北洋工学院于1938年2月在西安临时组建，后正式成立西北联大，是北方重要的抗战教育基地。
国立长沙临时大学
1937年11月由北京大学、清华大学、南开大学在长沙成立，因战事迁至昆明，是西南联大的前身。
说明：
上述三所大学均为官方组织的高校联合体，属于抗战时期特殊历史背景下的南迁机构。- 其他提到的高校（如中央大学、北洋大学等）虽在民国时期存在，但未明确提及南迁行为。