很抱歉，关于“北京教会学校哪里最好”的问题，目前可参考的信息中并未明确提及“最好”的评价标准。北京作为历史悠久的城市，教会学校的发展历程中涌现了多所具有代表性的机构，可结合历史地位、教育特色等方面进行综合分析：
一、历史地位最悠久的教会学校
育英学校（北京市第二十五中学） 成立于1864年，是北京最早的女子教会学校，由美国基督教公理会创办，最初仅招收男童，后改为男女共校。老北京有“男育英，女贝满”的说法，指其作为北京最早引入西方教育的机构。
贝满女中（慕贞女校）
1864年由美国公理会传教士设立，是北京最早的女子教育机构，培养了众多女性人才。
二、教育特色突出的教会学校
燕京神学院
中国唯一建在首都的基督教神学院，成立于1986年，面向华北、西北10省市招生，是华北地区重要神学教育中心。原为燕京大学宗教学院，1983年恢复办学后独立发展。
汇文学校（燕京大学前身）
由美国美以美会创办，19世纪末建立，是北京近代最早的教会学校之一，培养了大批知识分子。
三、其他值得关注的机构
灯市口小学： 1864年由美国基督教会公理会创办，后发展为公立学校。 汇文中学
四、总结与建议
若以历史积淀和学术传承为标准， 育英学校和 贝满女中是最佳选择；若侧重现代神学教育， 燕京神学院更具权威性；若关注综合教育背景， 汇文学校和 燕京大学前身更值得推荐。建议根据具体需求（如宗教信仰、教育方向等）进行选择，并可通过实地考察或咨询相关机构获取最新信息。