昌平区共有29所普通高校，具体包括：
中国政法大学（北校区）
中国石油大学（北京校区）
北京师范大学
北京邮电大学昌平校区
北京航空航天大学
中央财经大学
外交学院
华北电力大学（北京校区）
北京农学院
中国人民解放军防化指挥工程学院
北京交通大学（大专部）
北京大学昌平分校
对外经济贸易大学北区
北京化工大学北校区
北京邮电大学
北京航空航天大学
北京师范大学
北京邮电大学昌平校区
北京交通大学昌平校区
中国石油大学（北京校区）
中央财经大学
外交学院
华北电力大学（北京校区）
北京农学院
中国人民解放军防化指挥工程学院
北京大学昌平分校
对外经济贸易大学北区
北京邮电大学昌平校区
北京交通大学昌平校区
此外，昌平区还有部分高校的分支或合作机构，如北京大学部分院系、北京警察学院等。