根据搜索结果综合分析，重庆会计专业最好的大学为 重庆大学，其次是 重庆理工大学。以下是具体分析：
综合类顶尖院校 - 重庆大学：
会计学专业是工商管理学科的重要支撑，拥有会计学博士学位和硕士学位授予权，是重庆市首批本科一流专业和优势特色专业。师资力量雄厚，25位在岗教师中9位为教授，10位为副教授，形成实践与理论结合的复合型人才培养体系。 - 西南大学：文科类高校中会计专业表现突出，培养具备管理、经济、法律和会计学知识的工商管理学科高级专门人才，但综合排名低于重庆大学。
财经类与经济类院校 
- 重庆理工大学：
会计学专业为国家级特色专业，会计学科为市级重点学科，提供数智财务官、税务官等方向培养，注重大数据与人工智能在财务领域的应用。工业会计是其王牌专业之一，本地就业认可度高。 - 重庆工商大学：全国特色专业，拥有国家一流本科专业建设点3个，会计学、资产评估等方向特色鲜明，学科排名全市第二，2023年进入世界一流学科排名前400。
总结：若优先考虑综合类顶尖高校， 重庆大学是最佳选择；若侧重财经类特色专业， 重庆理工大学更具优势。建议根据个人专业方向和就业需求进一步咨询。